Начнём с того, что арендодатель не может выступать в качестве поставщика коммунальных услуг, так как во взаимоотношениях с коммунальными организациями арендодатель сам является абонентом. Арендодатель лишь вправе разрешить арендатору пользоваться своими инженерными сетями с компенсацией стоимости потреблённой электроэнергии, теплоэнергии и водопользования. Так арендодатель не оказывает коммунальных услуг, так как не является ресурсоснабжающей организацией.
Согласно же положениям ст. 146 НК РФ (подп. 1, п. 1) объектом налогообложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории РФ, а также по передаче имущественных прав. При этом реализацией товаров, работ или услуг для целей исчисления НДС признается передача права собственности на товары, результатов выполненных работ, оказание услуг, в том числе на безвозмездной основе.
Исходя из условий вопроса договором аренды предусмотрена постоянная арендная плата, а стоимость коммунальных услуг по договору взимается на основании договора аренды как платежи, являющиеся возмещением затрат арендодателя по содержанию предоставленных в аренду нежилых помещений. В таком случае платежи за коммунальные услуги не являются частью платежей за аренду и не учитываются арендодателем при определении налоговой базы по НДС. Соответственно, счет-фактуру арендодатель на сумму указанных платежей на возмещение затрат арендодателя на коммунальные услуги не составляет. При таком варианте оформления договорных отношений арендодатель обязан выставить счет-фактуру только на оказание услуг по предоставлению нежилого помещения в аренду на сумму постоянной арендной платы (ст. 168 НК РФ).
Относительно документального оформления, то арендодатель может выставить арендатору счет на возмещение коммунальных услуг, с приложением копий счетов (счетов-фактур, актов) от ресурсоснабжающих организаций, подтверждающие фактические расходы на коммунальные услуги, без НДС.